În timpul Revoluției din 1989, clădirea a fost afectată de incendii și distrugeri, în special la etajele superioare și în aripa centrală. În anul 2000 muzeul a fost redeschis și a devenit principala insti­tuție muzeală de artă din România, cu un patrimoniu de peste 100.000 de opere: pictură, sculptură, grafică, artă decorativă. Muzeul Național de Artă al României este organizat în patru galerii permanente.

Galeria Națională 

Este cea mai mare și importantă colecție de artă românească, structurată în expoziția de Artă medievală românească: icoane pe lemn și sticlă, fresce, manuscrise, broderii, argintărie bisericească (sec. XIV–XVIII) și în expoziția de Artă modernă românească, cu pictură și sculptură (sec. XIX–XX), cu lucrări de: Theodor Aman, Nicolae Grigorescu, Ștefan Luchian, Nicolae Tonitza și lucrări timpurii ale lui Constantin Brâncuși.

Galeria de Artă Europeană

Conține lucrări de artă occidentală din Evul Mediu până în secolul al XX-lea, care provin în mare parte din colecțiile regilor României (Carol I, Ferdinand, Carol II).: școala italiană – Tintoretto, Bronzino, Alessandro Magnasco, școala flamandă și olandeză – Rubens, Rembrandt, Jan van Eyck, școala franceză – Claude Monet, Eugène Delacroix, școala spani­olă – El Greco.

Galeria de Artă Decorativă

Include obiecte de artă aplicată și decorativă cu piese din secolele XVI–XIX: tapiserii, mobilier, porțelanuri, sticlă, orfevrărie europeană.

Galeria de Artă Orientală

Colecția de artă islamică a Muzeului Național de Artă al României numără peste 1.400 de piese, provenite din Turcia, Iran, Maroc, India, Asia Centrală și datate între secolele VII - XX. Exponatele reflectă legă­turile istorice directe existente între Țările Române și Imperiul Otoman, oferind o imagine elocventă asupra artei Islamului și a istoriei colecțio­nismului de artă orientală în România.